たわいも無いことの、書き綴り

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2017年、大相撲春場所を見終えて [General]

2017年3月27日

今年の大相撲春場所(大阪場所)は、新横綱稀勢の里の2場所連続の優勝で幕を下ろした。千秋楽で、星一つの差で追う大関照ノ富士との一番に勝利し追いつき、優勝決定戦でも照ノ富士を下しての、劇的な逆転勝利である。久々の日本人横綱の優勝であり、メディアでの報道も、方々でさぞかし沸いたであろう。

日本相撲協会理事長の八角親方は「今後、語り継がれる逆転優勝だ」とのコメントを残し、稀勢の里関の優勝を絶賛した。しかしながら、今場所の稀勢の里の優勝を、冷めた目で見ている好角家は、少なくないだろうと思われる。以下、今場所に対する私の主観を述べたい。

化学者が生物学の研究所を管理するということ [General]

2014年10月15日

現在の理化学研究所の理事長は野依博士であるが、この野依体制の元、STAP細胞構築の試みに関する研究がなされ、2報の論文が発表された。このSTAPに関する研究はその後、研究不正が指摘され、理化学研究所による調査委員会により研究不正が認定され、2報の論文が取り下げられたことは、皆様のご存じのところである。野依理事長の管理責任も問われ、一部から辞任もやむ無しの声が上がっている。他方で、一研究者の研究不正によって、理研ほどの規模の組織の代表がその管理責任により辞任するのは、行き過ぎではないかとの声もある。

私の専門は生物学(分子生物学・生化学)であるが、ポスドクとして化学が専門の研究室に所属していたことがある(間をおいて1年半と2年半の、合計4年間)。その経験から、化学が専門の人が、生物学の研究所(研究室)の管理・運営に深く関わった場合、どういう事になるかということを考えてみたい。

多剤耐性を示す、NDM-1遺伝子について [General]

2010年8月18日

ベルギーにおいて、抗生物質の効かない細菌の感染により、患者が死亡したケースが報告された。

YOMIURI ONLINE: 抗生剤きかぬ「スーパー細菌」欧米猛威…印から?

これは、NDM-1と呼ばれる、新規に発見された薬剤耐性の遺伝子を持つ細菌の感染によるものである。さまざまな情報が行きかっているので、私なりの意見を書いておきたい。

PCR産物のDNA sequenceを作成するスクリプト [General]

2010年7月26日

分子生物学用のツール。テンプレートと2つのプライマーの塩基配列から、PCR産物の塩基配列を計算して表示する。

始め、VBScript + InputBoxの組み合わせで作っていたが、テンプレート配列をInputBoxで入力させる際に不具合があったので、PHPに移行。PHPを使っている点で汎用的でないので、こちらのブログにメモしておくことにする。

<?php 

$template="
GGCTTTTCATAAAATTCCTTTTAAAATCATAACATAAAAGAATGATTCACATTAACGGAT
CCGTTAACTACGAAAATAGGCAACTTATTCTTAAGGGGCAAGATTAATTTATGTTTTCCC
GTCACCAACGACAAAATTTGCGAGGCTCTTTCCGAAAATAGGGTTGATCTTTGTTGTCAC
TGGATGTACTGTACATCCATACAGTAACTCACAGGGGCTGGATTGATTATGTACACTTCA
GGCTATGCACATCGTTCTTCGTCGTTCTCATCCGCAGCAAGTAAAATTGCGCGTGTCTCT
ACGGAAAACACTACAGCCGGGCTTATCAGTGAAGTTGTCTATCGCGAAGATCAGCCCATG
ATGACGCAACTTCTACTGTTGCCATTGTTACAGCAACTCGGTCAGCAATCGCGCTGGCAA
CTCTGGTTAACACCGCAACAAAAACTGAGTCGGGAATGGGTTCAGGCATCTGGGCTACCC
TTAACGAAAGTAATGCAGATTAGCCAGCTCTCCCCTTGCCACACTGTGGAGTCAATGGTT
CGCGCTTTACGCACGGGCAATTACAGTGTGGTGATCGGTTGGTTGGCAGATGATTTGACT
GAAGAAGAGCATGCTGAACTTGTTGATGCGGCAAATGAAGGTAACGCTATGGGGTTTATT
ATGCGTCCGGTAAGCGCATCCTCTCACGCCACGAGACAACTTTCCGGGCTAAAAATTCAC
TCTAATTTGTATCATTAAGT
";

$primer1="
cgCGGATCCGTTAACTACGAAAATAGGC
";

$primer2="
ccCATggTCAATCCAGCCCCTGTGAG
";

$template=preg_replace('/[^GATC]+/','',strtr($template,'gatc','GATC'));
$primer1=preg_replace('/[^GATC]+/','',strtr($primer1,'gatc','GATC'));
$primer2=preg_replace('/[^GATC]+/','',strtr($primer2,'gatc','GATC'));

$strand=extension($template,$primer1);
if ($strand) {
	$strand=complementary($strand);
	$strand=extension($strand,$primer2);
	if (strlen($strand)==0) exit("Primer2 does not work!\n");
	$strand=complementary($strand);
} else {
	$strand=extension(complementary($template),$primer1);
	if (strlen($strand)==0) exit("Primer1 does not work!\n");
	$strand=complementary($strand);
	$strand=extension($strand,$primer2);
	if (strlen($strand)==0) exit("Primer2 does not work!\n");
	$strand=complementary($strand);
}

echo $strand;

function complementary($sequence){
	$comp='';
	for ($i=strlen($sequence)-1;0<=$i;$i--) $comp.=strtr(substr($sequence,$i,1),'GATC','CTAG');
	return $comp;
}

function extension($template,$primer) {
	for ($i=0;$i<strlen($primer)-10;$i++) {
		$p=substr($primer,$i);
		$p=preg_quote($p,'/');
		if (preg_match('/'.$p.'([GATC]*)$/',$template,$m)) return $primer.$m[1];
	}
	return '';
}

(2010/10/11改定)

Sound-Recordingのページでフリーズ。 [Vista格闘記]

2010年6月21日

キャプチャの際の録音状態を変更しようと、コントロールパネルのsoundのRecordingタブから、Stereo Mixのプロパティを若干変更した。Advancedで、Default Formatを、44100Hzから96000Hzに変更してみたのだが、変更直後にフリーズ。

WIndowsを強制シャットダウンして再起動の後に、同じコントロールパネルのページから設定を元に戻そうとしても、それができないことに気がついた。というのは、コントロールパネルから該当ページを表示すると、即フリーズするためだ。

減点性の世の中 [General]

2010年6月14日

大関琴光喜が、解雇されそうである。

若ノ鵬・露鵬・白露山を解雇し、朝青龍を引退に追い込んだ例に倣うと、琴光喜は解雇されなければなるまい。

別に、琴光喜は解雇が当然だと思っているわけではない。上に挙げた4人の力士に対する処分が、厳しすぎたと思っている。

Toshiba Satelliteが起動不能に [Vista格闘記]

2010年4月16日

現在使っているノート、Toshiba Satellite A215-S5802が、起動不能になった。Windowsの読み込みまで行かない、つまり、BIOSの立ち上げで止まっているようだ。何回電源オフ・オンを繰り返しても、同じ症状。画面にロゴは表示されるから、CPUやメインボードが駄目になっているわけでは無いらしい。

試しに、ESCキーを押しながら電源を入れてみた。するとコンソール画面が表示され、BOISをデフォルトの状態にするならF1を押せとある。押してみると、うまく行った。どうやら、BOIS設定が何か書き換わってしまっていたらしい。

なぜESCを押しながら電源を入れることを思いついたかだが、なんとなくである。やってみたらうまく行った。もしこれが駄目なら、F1キーを押しながら、F2キーを押しながら、DELキーを押しながらなど、色々と試すつもりではあった。たまたま、最初のESCが効いただけの事。

電子辞書 [General]

2010年3月16日

妻の電子辞書が壊れたので、代替品を検索中。

現在の第一候補は、キャノンwordtank G55
USER'S SIDE USA
上記サイトで、「電子辞書」→「キャノン」

検察の「正義」も、ジャーナリズムの「正義」も、ともに死ぬ [General]

2010年1月20日

Web link メモ。

http://www.iwakamiyasumi.com/column/politics/item_222.html

「リーク情報、みんなで漏らして、みんなで書けば、恐くない」という異常な状況は、ただちに「正常化」されるべきである。でなければ、検察の「正義」も、ジャーナリズムの「正義」も、ともに死ぬ。
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